1.注册会计师审计的委托主体缺位，注册会计师的作用难以有效发挥。注册会计师是市场经济发展到一定阶段，所有权与经营权分离带来的产物。但从实践看，虽然从理论和制度上明确了国家是企业的所有者，企业厂长（经理）是受托经营者，而实际上国家由谁代表并不明确，企业的法人代表往往既是董事长又是总经理，经营权与所有权未得到实际分离，完全体现为公司经理人委托会计师事务所审计自己编报的财务报告。这样势必形成事务所央求企业进行审计的委托倒置局面，造成注册会计师作用难以发挥。
2.政府干预审计业务的现象仍然十分普遍。事务所脱钩改制的完成以及清理整顿经济鉴证类社会中介机构工作的进行，虽然使部门分割、行业垄断的问题有所改观，但是政府干预注册会计师审计业务的现象仍然存在。在审计业务的执行上，企业经营者往往出于自身“业绩”的考虑或迫于政府领导部门“政绩”需求的压力而通过编造利润或产值指标等不正当手段来粉饰会计报表。而企业又往往将此种无奈转嫁到注册会计师身上。在这种环境下进行审计，注册会计师不得不在权与法之间走“钢丝绳”，一不小心，就会成为代人受过的替罪羊。另外，由于政府部门职能转变不到位及相互间协调不够，对于同一企业的同一张会计报表，经常会出现多个部门的确认。由于各个部门考核的角度与目的不同，其评价结果往往不尽相同，甚至大相径庭。由此引起政府部门对注册会计师的误解或者不信任，甚至横加责难。甚至有的政府部门还以此为由强行指定企业由一个或几个会计师事务所审计，人为造成业务垄断的行业不正当竞争。
行业自律监管与自律发展的内在需求不一致的矛盾
在完成会计师事务所的脱钩改制以后，行业对自律管理、服务协调的需求越来越强烈，但我们各级协会还是部门所属的事业单位，要受行政事业单位有关法律法规政策的约束，在真正代表行业利益方面也要受诸多制约。同时，自律监管应是协会对行业会员的自我管理、自我约束、自我规范、自我促进。但现行《注册会计师法》、《违反注册会计师法处罚暂行办法》等法律规章不仅未能明确划分行业行政监管和自律监管各自的职责范畴，反而把一些本应属于行业内的自律性惩戒行为全部上升到了行政处罚，留给行业协会自律监管的空间就很小。协会在执业质量、职业道德甚至注册方面发现的问题，无法给予会员相应的纪律处分。自律监管与自律的内在需求产生了矛盾。
行业不断变化发展与宏观层次管理滞后的矛盾
1.现行法律法规不健全，很多内容也已滞后于实践发展。对于当前行业的一些重大改革举措，未能及时通过法律法规的形式予以规范，导致了许多改革的变形或走样。比如脱钩改制后，原事务所的风险基金何时可以处置，如何进行处置，业务档案的保管期限和法律追溯期限到底如何确定，原部分脱钩改制时职龄内的注册会计师是事务所的发起人，现已超出执业年龄，这部分人又如何处置；现有有限责任事务所改制为合伙所时，其内部合伙人的产生方式，原有事务所的商誉确定以及股权的回购等。这些都急需从法律、法规上予以明确和解决。
2.现行法律法规之间规定的不一致，导致行业管理的混乱。如《注册会计师法》规定注册会计师可依法执行法定业务，执业资格无须经过其他部门认可，但现实却是注册会计师要执业；除取得注册会计师执业资格以外，还要考试取得其他十多种资格，如价格鉴证、司法鉴证、工商代理等，相应地管理注册会计师的部门也多起来了。某些行政管理部门总是试图对会计师事务所的业务资格和范围进行二次认定，说到底是在为自己找权力寻租机会。加之注册会计师队伍本身素质参差不齐，一些注册会计师和事务所出于自身经济利益考虑，用好处费、回扣等方式通过政府部门争揽客户，导致一些国家工作人员在实际工作中对不同的会计师事务所厚此薄彼。这种混乱管理局面的存在，对注册会计师执业环境造成极大破坏，严重扰乱了会计市场秩序。
3.对注册会计师法律责任规定的不一致，带来司法诉讼中的诸多问题。在《证券法》和《注册会计师法》中，强调的是注册会计师的工作程序与应承担法律责任之间的因果关系，这实际考虑了注册会计师自身能力局限性的影响，只要注册会计师对自己的过失行为承担责任；而《公司法》、《刑法》、《关于惩治违反公司法的犯罪的决定》以及《股票发行与交易管理暂行条例》则强调的是注册会计师的工作结果与应承担法律责任之间的关系，这实际上把注册会计师的工作结果视为对相关会计信息的绝对保证，而不再是合理保证和公允反映，使得注册会计师的审计责任无限扩大，承担了企业负责人和会计人员应负的会计责任。
几点思考
要解决上述问题，必须根据实际，积极改进与完善注册会计师行业的监管模式，为建立行业自律监管体制创造完备的法律条件和组织保证。具体来讲，应采取以下措施：
1.加快修改《注册会计师法》和相关法律法规制度，健全和完善行业法律体系。结合当前《注册会计师法》的修订，协会要积极与各界沟通和协调，通过修法、立法的形式将注册会计师的法律责任进一步明确下来，清除制约注册会计师行业发展的法律障碍，并通过修改法律严格区分与界定政府行政监督与行业自律监管各自的职责范围，完善行业自律管理体制。
2.加强事务所业务质量评价体系建设，丰富和完善行业监管手段。改变行业监管的被动局面，要对事务所的执业质量从总体上进行把握和评判，建立事务所审计报告的备案制度，在此基础上建立业务质量评价体系，利用科学的量化指标对执业机构的业务质量排出优劣顺序，以此作为建立注册会计师退出机制的基础依据。并逐步促使政府部门改变多头检查事务所业务质量的做法，研究行业和政府有关部门联手检查的协作制度。
3.建立行业自律检查和惩戒机制，强化会员的自律意识和自律水平。通过建立和完善行业自律检查和惩戒机制，加强自律监管组织和制度建设，并充实监管力量，完善对任职资格、执业行为和职业道德情况的自律检查，加强对重点审计领域的监督，关注事务所变更，保证会员执业的独立性，加大对出卖审计意见、恶性压价、相互拆台、同行诋毁等不正当竞争行为的自律监管和惩戒，进一步完善谈话提醒制度，不断提高对会员的约束和监管力度，对执业机构的组织形式和内部运行机制进行研究并提供指导，规范其内部管理，理顺运行机制，构造行业发展的微观基础。
4.必须加强会计师事务所体制建设，积极推进有限责任事务所向合伙制经营方式过渡。实践证明，当前我国绝大多数事务所采取的有限责任组织形式，并不适合会计师事务所这一“人合”组织。在实际运作中，这种组织形式已经对事务所的内部决策、人事管理、利益分配等带来不同程度的负面影响，直接导致了事务所内讧严重、质量不高、信誉低下等现实问题。在推动事务所转型的过程中，要研究现有有限责任会计师事务所向合伙制过渡的合适途径和具体方案。在此同时要加强对主任会计师、发起人的变更管理，严格其思想素质和业务素质的考核。
5.加强行业协会建设，以适应注册会计师行业改革和发展的需要。要按照市场经济运作规则，理顺管理权限，完善协会的组织机构建设，本着效率、合理、精干的原则配备协会领导班子，把懂专业、会管理、年富力强、有事业心的干部充实到协会，建立起政治过硬、道德水平高、专业精通的协会工作队伍，同时要建立和完善行业协会的专业委员会制，并从组织上、人力上加强行业监管力量。
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